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河南省中医药学会在理事会、常务理事会的领导下，由秘书长主持日常工作。学会机关设有对外联络部、学术部、推广发展部、信息管理部、财务部等部门。
其职能及联系方式如下：
电话：（0371）66353785 55369965
对外联络部
负责处理机关日常政务以及来往人员的日常接待工作；负责学会重要文件的起草，制定学会的规章制度并组织实施；负责学会系列期刊的管理工作；策划学会的对外宣传活动和制作宣传用品；负责公文的运转及人事劳资、文书档案、人员考勤，管理学会印章，审核学会财务计划。
学术部
负责组织广大中医药科学工作者开展学术交流，汇总、审核和协调学会年度学术活动，组织、指导与管理全省性的学术活动及学会各分支机构的组织建设与学术交流；负责理事会、常务理事会的有关筹备工作；发展学会会员，保持同会员、团体会员的联系，向政府有关部门反映会员的意见和要求，维护会员的权力。
推广发展部
负责开发与推广中医药创新技术与成果。为中医药企事业单位提供技术推广、学术研讨、公关策略、品牌传播等服务，组织策划中医药文化及产品的展览展示活动，策划制作中医药音像制品及图书。
信息管理部
负责学会的信息管理工作，及时传播河南省中医药学会各部室、各专科分会、各地市级分会的工作动态和信息；为广大中医药工作者提供中医药最新学术动态并为其提供信息交流的平台；采集、整理、储存河南省中医药学会工作会议、学术活动的电子、文字、影象资料；承担河南省中医药学会网站的信息管理、安全维护及学会工作通讯的编辑等工作。
财务科
负责做好本单位财务预算的编报、执行和决算工作；负责办理财务日常收支，及时正确的进行会计核算；按时报送各种报表，完成纳税申报；不断制定和完善内部财务管理制度并监督落实；定期进行财务分析，为领导提供会计信息。
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